当神社は、長元元年、上総・下総で起った平忠常の乱を治めるべく同3年(1030)に朝命を奉じた甲斐守源頼信公が、同地へ赴く際に一族郎党と共にこの地に宿営した時、霊威を感得して源氏の氏神たる八幡大神を奉齋し、戦勝を祈願したのがその発祥とされています。

高台に陣を敷き源氏の白幡を靡かせ大いに武威を誇ったことから、この地が「旗岡」あるいは「旗の台」と呼ばれたのです。